正确的清洗方法应该进行拆卸，将水箱和冷凝器分开。用小刷子或高压气将水箱缝隙内的污垢清除，再用清水冲洗表面。在这个过程中，要注意不要破坏铝片(散热器空气片)和水管，因为铝片很容易变形稍微一用力就会损坏。过多的铝片损坏会造成散热不良，而水箱上水管被破坏则会产生防冻液泄漏。

清理方法：1、高压清洗车水箱除垢剂：不需拆卸即可清洗，还可在不停车的条件下清洗。可直接将的水垢清洗剂倒入高压清洗车水循环系统中，让其浸泡、怠速循环或行驶20-30分钟后，将水箱及系统内部的除垢剂排放掉，加水反复冲洗干净既可有效清除发动机水循环系统中的水垢、锈、泥及各种有害物质。2、人工清理法：需把高压清洗车水箱拆卸下来，用人工锤、刮、铲等清除水垢；除垢效率低、劳动强度大，不易清除干净，易造成水箱二次损害。3、普通水垢清洗剂：需拆卸高压清洗车水箱，清除不彻底、异味大、腐蚀性强，易造成水箱老化，缩短其使用寿命。

屋顶水箱的清除方式，这种方式在清除屋顶水箱污垢时不需要将其拆卸，而且还能在不停止的情况下持续清洁，可以直接的将去垢的清洁剂倒入在水箱内部，先让其浸泡一段时间之后，大概是20-30分钟左右，直接的将水箱的内部除垢的系统打开进行外排，再使用清水频繁的冲洗就可以了。

水箱清洁消毒器，利用材料制成的金属电极，在适当的外加电压作用下，使流经的水产生微电解、使水中溶解的氯离子、氧分子及水分子产生以下氧化性物质：二氧化氯（CLO2）、活性氧（O）、臭氧（O3）、次氯酸（HCLO）等强氧化性物质，这些氧化性物质通过水的扩散，对水池（水箱）中的所有水及水池（水箱）内壁进行处理，杀灭水中的各类、藻类，清洁水箱（水池）内壁，达到清洁、消毒的目的。
水中悬浮粒子及胶体经处理后，其表面电极电位发生变化，脱稳絮凝而趋于沉淀析出，通过过滤或沉淀去除，使水质更加清洁。活性氧在新管壁上生成氧化性被膜、微生物腐蚀，沉积腐蚀被抑制。
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